La conduzione del Centro Studi Don Bosco è affidata a un Consiglio Direttivo composto dal Direttore, dal Segretario e dai rappresentanti delle diverse sezioni.

Il Direttore coordina l'attività scientifica del Centro, è responsabile della collana «Pubblicazioni del CSDB», garantisce il buon funzionamento della biblioteca specializzata e cura la gestione dei bilanci. Viene eletto dal Consiglio Direttivo e confermato dal Rettore dell'Università Pontificia Salesiana. Il suo mandato ha una durata di tre anni ed è rinnovabile.

Il Segretario collabora con il Direttore nella gestione delle attività tecniche e organizzative e cura la redazione dei verbali delle riunioni del Consiglio Direttivo. È nominato dal Rettore dell'Università Pontificia Salesiana su indicazione del Consiglio Direttivo, rimane in carica per tre anni e può essere riconfermato.

Rappresentanti di sezione: Ogni sezione regolarmente costituita è rappresentata nel Consiglio Direttivo da due membri, eletti dal Collegio dei Docenti della rispettiva Facoltà. Anche i rappresentanti di sezione restano in carica per tre anni e possono essere rieletti.